Masjid yang terletak di Fatih ini pada asalnya dikenali sebagai Gereja Chora, sebuah gereja yang dibina di luar tembok Kota Constantinople. Walaupun asal-usulnya bermula pada abad ke-4, bangunan yang kita lihat hari ini kebanyakannya berasal daripada pembinaan semula pada abad ke-11.
Pada awal abad ke-14, negarawan dan cendekiawan Byzantine Theodore Metochites membiayai satu projek pengubahsuaian besar-besaran yang menambah mozek dan fresko (lukisan dinding) berkualiti tinggi di seluruh gereja. Hasil kerja para pelukis inilah yang menjadikan Kariye terkenal sebagai antara karya seni Kristian paling agung yang masih kekal hingga hari ini.
Untuk memahami keistimewaan Kariye, kita perlu kembali kepada peristiwa Ikonoklasme. Bermula pada tahun 726 Masihi, beberapa maharaja Byzantine melarang penghormatan terhadap ikon kerana bimbang ia membawa kepada penyembahan berhala. Ribuan ikon dimusnahkan, gereja kehilangan hiasan suci, manakala para rahib yang mempertahankan tradisi Gereja Timur dipenjarakan atau dibuang negeri.
Walaupun Maharani Irene berjaya memulihkan penghormatan terhadap ikon melalui Majlis Nicaea Kedua di Iznik pada tahun 787, keamanan itu tidak bertahan lama apabila Maharaja Leo V menghidupkan semula dasar Ikonoklasme pada tahun 814.
Kemudian pada tahun 843 Masihi, selepas kemangkatan Maharaja Theophilos, isterinya Maharani Theodora menjadi pemangku pemerintah bagi puteranya, Michael III. Dengan sokongan Patriark Methodios I, beliau memulihkan semula penghormatan terhadap ikon dalam satu upacara rasmi di Constantinople.
Peristiwa ini dikenali sebagai Triumph of Orthodoxy atau Kemenangan Ortodoks, yang menandakan berakhirnya Ikonoklasme sebagai dasar rasmi Empayar Byzantine. Sejak itu, Ahad pertama musim Lent disambut setiap tahun oleh Gereja Ortodoks bagi memperingati peristiwa bersejarah tersebut.
Berakhirnya Ikonoklasme membuka lembaran baharu kepada seni Byzantine. Gereja-gereja kembali dihiasi dengan ikon, mozek dan fresco yang menggambarkan Jesus Christ, Mary serta para santo (saints). Kariye menjadi salah satu hasil terbaik kebangkitan ini.
Walaupun kebanyakan mozek dan fresco yang dapat dilihat hari ini dihasilkan hampir lima abad selepas Triumph of Orthodoxy, kewujudannya hanya mungkin berlaku kerana penghormatan terhadap ikon telah dipulihkan.
Selepas penaklukan Constantinople oleh Sultan Mehmed II (al-Fatih) pada tahun 1453, Gereja Chora akhirnya ditukar menjadi masjid sekitar awal abad ke-16. Seperti banyak gereja Byzantine lain, mozek dan fresco di dalamnya ditutup dengan lapisan plaster mengikut tradisi Islam ketika itu.
Langkah ini secara tidak langsung membantu memelihara karya seni tersebut daripada kerosakan selama berabad-abad. Pada abad ke-20, lapisan plaster itu dibuka semula semasa kerja pemuliharaan, membolehkan dunia sekali lagi mengagumi keindahan seni Byzantine yang hampir hilang ditelan zaman.
