Kematian Ali Şükrü Bey tidak mengakhiri persoalan yang menyelubungi pembunuhannya. Sebaliknya, kematian itu membuka satu lagi persoalan yang sehingga hari ini masih diperdebatkan: mengapa Topal Osman Ağa membunuhnya?
Tafsiran yang sering dikemukakan ialah Topal Osman, seorang penyokong fanatik Mustafa Kemal Paşa, melihat tentangan keras Ali Şükrü di Dewan Perhimpunan Agung Kebangsaan (TBMM) sebagai ancaman terhadap kepimpinan gerakan nasional. Sejarawan Mahmut Goloğlu misalnya berpendapat bahawa Topal Osman bertindak atas inisiatif sendiri terhadap seorang tokoh yang dianggapnya mencabar Mustafa Kemal.
Topal Osman tidak sempat dibawa ke muka pengadilan. Ketika cuba melarikan diri bersama pengikutnya di sekitar Çankaya, berlaku pertempuran dengan pasukan kerajaan yang menyebabkan beliau cedera parah dan kemudian meninggal dunia.
Atas keputusan TBMM, mayatnya kemudiannya digantung terbalik di hadapan bangunan Dewan sebagai hukuman simbolik atas pembunuhan Ali Şükrü. Namun, kematiannya sebelum sempat dibicarakan menyebabkan banyak persoalan tidak pernah terjawab.
Jenazah Ali Şükrü pula dibawa dari Ankara melalui İnebolu, kemudian menaiki kapal Reşid Paşa menuju Trabzon melalui beberapa pelabuhan Laut Hitam. Laluan pengebumiannya sendiri memperlihatkan suasana politik ketika itu. Jenazah tidak dibawa melalui Istanbul, sebaliknya terus melalui Laut Hitam sebelum tiba di Trabzon pada 10 April 1923. Ribuan penduduk memenuhi jalan untuk memberikan penghormatan terakhir sebelum beliau dikebumikan di Boztepe.
Terdapat satu ironi yang sukar diabaikan dalam cara kedua-dua tokoh ini dikenang selepas kematian mereka. Ali Şükrü Bey, seorang wakil rakyat yang diculik dan dibunuh kerana pendiriannya, dikebumikan di Trabzon tanpa sebuah monumen besar yang setanding dengan kedudukannya dalam sejarah politik Turki.
Sebaliknya, Topal Osman, lelaki yang dipertanggungjawabkan atas pembunuhannya, akhirnya dikebumikan semula di kawasan Giresun Kalesi, dengan makam dan tugu peringatan yang dibina menghadap bandar Giresun. Di sana, beliau terus diperingati oleh sebahagian masyarakat sebagai seorang wira perjuangan nasional.
Beberapa dekad kemudian, İsmet İnönü juga mengingati Ali Şükrü dalam memoirnya sebagai antara ahli Dewan yang paling keras menentang Mustafa Kemal, dengan kritikan yang kadangkala sangat tajam dan menyakitkan.
Namun kesan paling besar pembunuhan itu mungkin dapat dilihat pada nasib TBMM sendiri. Kumpulan Kedua (İkinci Grup) telah berkembang menjadi pembangkang yang mampu memberikan tekanan serius terhadap Kumpulan Pertama (Birinci Grup) pimpinan Mustafa Kemal.
Tidak lama selepas kematian Ali Şükrü, Dewan pertama berakhir dan pilihan raya baharu diadakan pada tahun 1923. Hampir keseluruhan tokoh utama Kumpulan Kedua tidak kembali ke Dewan baharu. Mustafa Kemal kini mempunyai sebuah parlimen yang jauh lebih selari dengan kepimpinannya, sekali gus memudahkannya melaksanakan perubahan besar yang bakal menyusul.
Ali Şükrü Bey tidak sempat menyaksikan semua itu. Beliau tidak menyaksikan Perjanjian Lausanne ditandatangani pada 24 Julai 1923, dan tidak sempat melihat Republik Turki diisytiharkan pada 29 Oktober 1923.
