Menjelang penghujung Mac 1923, suasana politik di Ankara semakin tegang. Perdebatan mengenai Persidangan Lausanne, kuasa Mustafa Kemal Paşa dan hala tuju negara menjadi semakin panas di dalam Dewan Perhimpunan.
Di tengah-tengah ketegangan itulah Ali Şükrü Bey, pemimpin paling lantang dalam Kumpulan Kedua (İkinci Grup), tiba-tiba hilang tanpa khabar berita.
Pada 27 Mac 1923, Ali Şükrü dilaporkan meninggalkan Dewan Perhimpunan selepas menerima jemputan untuk bertemu Topal Osman Ağa, seorang ketua militia yang terkenal kerana kesetiaannya kepada Mustafa Kemal. Selepas pertemuan itu, beliau tidak lagi dilihat. Kehilangannya mencetuskan kebimbangan dalam kalangan ahli parlimen, sehingga Dewan menuntut siasatan segera dijalankan.
Beberapa hari kemudian, pasukan penyiasat yang diketuai oleh İsmail Hakkı Bey berjaya menemui mayat Ali Şükrü yang ditanam secara rahsia di sebuah kawasan berhampiran kediaman Topal Osman.
Hasil siasatan mendapati beliau telah dibunuh dengan cara dicekik sebelum mayatnya disembunyikan. Penemuan itu mengejutkan seluruh Ankara dan mencetuskan krisis politik yang besar.
Topal Osman segera menjadi suspek utama. Mustafa Kemal mengarahkan pasukan keselamatan menangkap beliau untuk dibawa ke muka pengadilan. Namun, Topal Osman enggan menyerah diri. Dalam pertempuran yang berlaku tidak lama kemudian, beliau ditembak dan terbunuh. Dengan kematiannya, individu yang dipercayai mengetahui apa yang sebenarnya berlaku turut hilang, menyebabkan banyak persoalan tidak pernah terjawab.
Sehingga hari ini, pembunuhan Ali Şükrü Bey terus menjadi antara misteri paling kontroversi dalam sejarah awal Republik Turki. Ada yang berpendapat Topal Osman bertindak sendiri atas kesetiaannya kepada kepimpinan ketika itu.
Ada juga yang mendakwa pembunuhan tersebut mempunyai motif politik yang lebih besar. Kebanyakan ahli sejarah bersetuju bahawa Topal Osman bertanggungjawab secara langsung, tetapi persoalan sama ada beliau bertindak atas arahan pihak lain atau atas inisiatif sendiri masih menjadi perdebatan.
Jenazah Ali Şükrü Bey dibawa pulang ke kampung halamannya di Trabzon untuk dikebumikan. Ribuan penduduk menghadiri upacara pengebumian sebagai penghormatan kepada seorang tokoh yang mereka anggap telah berjuang mempertahankan negara sehingga ke akhir hayat.
