Menjelang penghujung Perang Kemerdekaan Turki, tumpuan perjuangan mula berubah. Jika sebelum ini seluruh tenaga dicurahkan untuk menghalau tentera Bersekutu, kini persoalan yang lebih besar mula timbul: siapakah yang akan memimpin negara, dan sejauh manakah kuasa itu harus diberikan?
Bagi Ali Şükrü Bey, kemenangan di medan perang tidak bermakna Dewan Perhimpunan Agung Kebangsaan (TBMM) harus menyerahkan kuasanya kepada seorang pemimpin. Beliau percaya bahawa TBMM mesti kekal sebagai institusi tertinggi negara.
Sebaliknya, Mustafa Kemal Paşa berpendapat bahawa keadaan perang memerlukan kepimpinan yang lebih tersusun dan kuasa eksekutif yang lebih kuat untuk membuat keputusan dengan pantas.
Perbezaan ini menjadi semakin ketara apabila Dewan meluluskan Undang-undang Panglima Tertinggi (Başkomutanlık Kanunu) pada tahun 1921, yang memberikan kuasa luar biasa kepada Mustafa Kemal sebagai Panglima Tertinggi.
Penyokong beliau melihat langkah itu sebagai satu keperluan ketika negara masih berperang, manakala Ali Şükrü dan beberapa ahli parlimen lain bimbang kuasa yang terlalu besar akhirnya akan melemahkan fungsi Dewan Perhimpunan.
Perbezaan pandangan itu akhirnya membawa kepada penubuhan Kumpulan Kedua (İkinci Grup), sebuah blok pembangkang dalam Dewan Perhimpunan. Ali Şükrü muncul sebagai antara jurucakapnya yang paling lantang. Walaupun sering digambarkan sebagai kumpulan anti-Mustafa Kemal, hakikatnya mereka tidak menolak perjuangan nasional.
Sebaliknya, mereka menuntut supaya kerajaan baharu dibina berasaskan prinsip semak dan imbang (check and balance), dengan Dewan Perhimpunan memainkan peranan yang lebih besar dalam menentukan dasar negara.
Perdebatan menjadi semakin hangat apabila rundingan damai bermula di Lausanne. Mustafa Kemal memilih İsmet Paşa (İsmet İnönü) untuk mengetuai delegasi Turki. Ali Şükrü menyokong usaha menamatkan peperangan, namun beliau berpendapat beberapa tuntutan yang terkandung dalam Misak-ı Milli tidak seharusnya dikompromi.
Antara isu yang sering dibangkitkannya ialah nasib wilayah seperti Mosul, yang menurut beliau masih sebahagian daripada cita-cita nasional yang dipersetujui oleh Parlimen Uthmaniyyah pada tahun 1920.
Melalui ucapan-ucapannya di Dewan Perhimpunan dan tulisan di akhbar, Ali Şükrü mengkritik proses rundingan serta menggesa kerajaan supaya lebih tegas mempertahankan kepentingan negara.
Kritikan tersebut kadangkala begitu keras sehingga mencetuskan perdebatan terbuka dengan penyokong Mustafa Kemal. Namun, beliau tetap menegaskan bahawa perbezaan pandangan itu adalah sebahagian daripada proses demokrasi dan bukannya penolakan terhadap kemerdekaan Turki.
Menjelang awal tahun 1923, suasana politik di Ankara menjadi semakin tegang. Perdebatan dalam Dewan bukan lagi sekadar mengenai strategi peperangan atau syarat perdamaian, tetapi tentang bentuk negara yang bakal lahir selepas perang berakhir.
Di tengah-tengah ketegangan inilah Ali Şükrü Bey terus berdiri sebagai suara paling lantang dalam pembangkang, tanpa menyedari bahawa hayat politiknya, malah hayatnya sendiri, semakin menghampiri penghujung.
