Kematian Kılıç Arslan I pada 1107 membuka lembaran baharu yang penuh pergolakan dalam sejarah Kesultanan Rum. Beliau telah dikalahkan oleh tentera Muhammad Tapar, pemerintah Seljuk Agung, ketika berusaha menguasai Mosul dan akhirnya terkorban ketika menyeberangi Sungai Khabur.
Selepas kematiannya, Kesultanan Rum tidak mempunyai pemerintah yang benar-benar berkuasa selama beberapa tahun. Keadaan ini membuka ruang kepada perebutan takhta dan campur tangan kuasa-kuasa lain di Anatolia.
Putera Kılıç Arslan I, Malik Shah (Şehinşah), tidak dapat terus mengambil alih takhta selepas kematian bapanya. Beliau telah dibawa sebagai tawanan ke Isfahan oleh Muhammad Tapar dan berada di sana selama kira-kira tiga tahun. Sekitar 1110, Malik Shah akhirnya kembali ke Anatolia dan berjaya mengambil alih pemerintahan, dengan Konya menjadi pusat kuasanya.
Malik Shah mempunyai dua adik lelaki, Mesud dan Arab, yang turut mempunyai tuntutan sebagai putera keluarga Seljuk. Mesud khususnya muncul sebagai pesaing penting kepada abangnya, tetapi Malik Shah berjaya mendahuluinya untuk menguasai takhta. Bimbang kedua-dua adiknya akan mencabar kedudukannya, Malik Shah kemudian memenjarakan Mesud dan Arab.
Ancaman terhadap Malik Shah juga datang dari sebelah barat. Maharaja Byzantine, Alexios I Komnenos, mengambil kesempatan daripada kelemahan Kesultanan Rum untuk memperkukuhkan semula kedudukan Byzantine di Anatolia.
Pada tahun 1116, tentera kedua-dua pihak bertembung dalam Pertempuran Philomelion (Akşehir). Tentera Malik Shah mengalami kekalahan dan kedudukan politiknya semakin lemah selepas gagal menandingi kekuatan tentera Byzantine.
Selepas kekalahan tersebut, Malik Shah memilih untuk berdamai dengan Alexios I Komnenos. Menurut catatan Byzantine oleh Anna Komnene, Malik Shah bersetuju untuk menghentikan serangan dan berundur dari beberapa kawasan di Anatolia, malah terdapat dakwaan bahawa beliau bersetuju meninggalkan Anatolia.
Kelemahan itu kemudian dimanfaatkan oleh Emir Gazi, pemerintah Danishmendid yang berkuasa di Anatolia tengah dan timur. Emir Gazi menyokong Mesud, yang ketika itu masih menjadi pesaing kepada abangnya dan mempunyai hubungan kekeluargaan dengan keluarga Danishmendid melalui perkahwinannya.
Dengan sokongan Danishmendid, Mesud berjaya menggulingkan Malik Shah dan mengambil alih takhta Kesultanan Rum pada 1116. Malik Shah kemudian ditangkap dan nasibnya berakhir dengan tragis.
Beliau dikatakan telah dibutakan dan kemudiannya dihukum mati dengan dicekik menggunakan tali busur, satu bentuk hukuman yang sering dikaitkan dengan tradisi politik keluarga diraja Turki pada zaman tersebut.
Pemerintahannya yang singkat berakhir dalam suasana perang, perebutan kuasa dan campur tangan Byzantine serta Danishmendid. Namun, kejatuhan Malik Shah membuka jalan kepada pemerintahan Mesud I, yang kemudiannya akan mengembalikan kestabilan dan kekuatan Kesultanan Rum.
