Pada 30 Oktober 1918, Empayar Uthmaniyyah menandatangani Gencatan Senjata Mudros (Armistice of Mudros), sekali gus menamatkan penglibatan mereka dalam Perang Dunia Pertama. Walaupun ia digelar “gencatan senjata’, syarat-syarat perjanjian itu memberi kuasa kepada pihak Bersekutu (Allies) untuk menduduki mana-mana kawasan yang dianggap strategik.
Beberapa bulan kemudian, tentera British, Perancis dan Itali mula menguasai Istanbul. Kapal perang asing berlabuh di Selat Bosphorus, bangunan kerajaan diawasi tentera Bersekutu, manakala pegawai Uthmaniyyah hidup di bawah tekanan kuasa asing. Suasana inilah yang mengubah Ali Şükrü daripada seorang pegawai tentera dan wartawan kepada seorang pejuang politik.
Pada penghujung tahun 1919, beliau dipilih sebagai wakil Trabzon ke Parlimen Uthmaniyyah yang terakhir. Walaupun parlimen itu masih bersidang di Istanbul yang diduduki, ramai ahlinya masih bertekad mempertahankan kedaulatan negara. Ali Şükrü muncul sebagai antara suara yang lantang menolak campur tangan kuasa asing dalam urusan Empayar Uthmaniyyah.
Kemuncak persidangan itu ialah kelulusan Misak-ı Milli atau Pakatan Nasional pada Januari 1920. Dokumen ini menetapkan sempadan dan prinsip yang dianggap tidak boleh dikompromi dalam perjuangan mempertahankan tanah air.
Ia menegaskan bahawa wilayah yang majoriti penduduknya beragama Islam dan berada di bawah pemerintahan Uthmaniyyah ketika gencatan senjata hendaklah kekal menjadi sebahagian daripada negara. Misak-ı Milli kemudiannya menjadi asas kepada perjuangan nasional Turki dan terus mempengaruhi dasar luar negara itu sehingga hari ini.
Kelulusan Misak-ı Milli membangkitkan kemarahan British. Pada 16 Mac 1920, tentera British secara rasmi menduduki Istanbul sepenuhnya, menangkap beberapa ahli Parlimen Uthmaniyyah dan menghantar sebahagian mereka ke Malta sebagai tahanan politik. Parlimen akhirnya dibubarkan, sekali gus menamatkan institusi perundangan terakhir Empayar Uthmaniyyah.
Dalam keadaan inilah pelbagai rangkaian rahsia mula memainkan peranan penting. Salah satunya ialah Karakol Cemiyeti atau Persatuan Karakol, sebuah organisasi sulit yang membantu menyeludup pegawai, senjata, peluru dan maklumat dari Istanbul ke Anatolia. Walaupun butiran penglibatan Ali Şükrü sukar dipastikan sepenuhnya kerana sifat rahsia organisasi tersebut, beliau dikaitkan dengan rangkaian nasionalis yang menyokong usaha penentangan terhadap pendudukan Bersekutu.
Bagi Ali Şükrü, perjuangan tidak lagi boleh dilakukan melalui ucapan di parlimen atau tulisan di akhbar semata-mata. Apabila saluran politik di Istanbul ditutup oleh kuasa pendudukan, pusat perjuangan mula beralih ke Anatolia. Di sanalah gerakan yang dipimpin oleh Mustafa Kemal Paşa sedang berkembang, menghimpunkan bekas pegawai tentera, ahli politik dan tokoh masyarakat yang enggan menerima pembahagian Empayar Uthmaniyyah.
