Api Pemberontakan Ionia (Ionian Revolt) tidak padam begitu sahaja selepas bandar Miletus musnah. Konflik yang bermula di kota-kota sebelah barat Anatolia akhirnya menarik perhatian dunia Yunani yang lebih luas, dan yang lebih penting, tindak balas penuh daripada Empayar Parsi.
Bagi Darius I (Raja ke-3 Parsi ketika itu), pemberontakan itu bukan sekadar penentangan, tetapi satu cabaran yang mesti dihadapi. Apa yang berlaku selepas itu bukan lagi konflik tempatan, tetapi permulaan pertembungan yang lebih besar antara Parsi dan dunia Yunani.
Pada tahun 490 SM, tentera Parsi menyeberang ke tanah besar Yunani, menandakan fasa utama pertama dalam Perang Yunani-Parsi. Di Battle of Marathon, tentera Yunani mencatat kemenangan yang tidak dijangka, berjaya menghentikan pasukan yang jauh lebih besar.
Namun, peristiwa ini tidak menamatkan konflik. Sedekad kemudian, di bawah Xerxes I (Raja ke-4 Parsi), mereka kembali dengan kempen yang jauh lebih besar dan kuat.
Pencerobohan kedua ini melahirkan beberapa detik paling dikenang dalam dunia purba. Pertembungan di Battle of Thermopylae (Raja Leonidas dan tentera Sparta), diikuti pertempuran laut di Battle of Salamis, dan kemenangan Yunani di Battle of Plataea, membentuk bagaimana konflik ini diingati.
Namun begitu, kemenangan ini tidak benar-benar menamatkan pengaruh Parsi. Di Anatolia, banyak kota Yunani di pesisir barat, terutamanya Ephesus, terus berada di bawah kekuasaan mereka. Peperangan itu mungkin telah bergerak jauh dari tanah Yunani, tetapi ia belum benar-benar selesai. Kehadiran Parsi kekal sebagai realiti politik yang terus membentuk rantau tersebut.
Seiring waktu, peperangan ini menjadi lebih daripada sekadar sejarah. Ia menjadi ingatan yang terus diceritakan dari satu generasi ke generasi lain sebagai kisah pertembungan dua dunia.
Lebih satu abad kemudian, apabila Alexander the Great memulakan kempennya di Anatolia, beliau tidak memulakan sesuatu yang baharu, tetapi menyambung sebuah kisah yang telah lama menunggu untuk diteruskan.